海外知识产权纠纷应对指导申请程序如下：

（一）申请人提交《海外知识产权纠纷应对指导申请表》，并提供真实、完整、详实的知识产权纠纷材料；

（二）对有关申请材料进行研究评估，并自收到申请之日起15个工作日内作出是否受理申请的决定；

（三）受理申请后对申请进行分类，视案情情况分为普通纠纷、重大/疑难纠纷（特指影响产业发展、主体复杂、数额特别巨大或波及范围较广的纠纷），根据技术领域和专业要求进行分类指导；

（四）对普通纠纷，通过书面、电话、线上平台等方式答复指导意见；

（五）对重大/疑难纠纷，指定或者选择指导专家开展业务研讨，进行专家会审，同时报送知识产权管理部门，协调出具指导意见。